ภายหลังเสร็จสิ้นพิธีพระราชทานเพลิงศพ หลวงพ่อคูณ ปริสุทโธ ที่ ฌาปนสถานชั่วคราว และเปลวไฟได้


มอดลง เหลือเพียงเตาเผาภายในตัวนกหัสดีลิงค์ เช้ามืดที่ผ่านมา มหาวิทยาลัยขอนแก่น ได้ทำพิธีเก็บเถ้าอัฐิหลวงพ่อคูณ โดยมีสักขีพยาน 15 คน คอยตรวจสอบขั้นตอนการเก็บอัฐิให้มีความโปร่งใส อาทิ นางคำมั่น กาญจนรัตน์ น้องสาวหลวงพ่อคูณ, พระครูศรีปริยัติวิสุทธิ์ เจ้าอาวาสวัดด่านใน จ.นครราชสีมา, พระพรมมังคลาจารย์ หรือเจ้าคุณธงชัย ผู้ช่วยเจ้าอาวาสวัดไตรมิตรวิทยารามวรวิหาร, พระครูคชสารวรานุสิฐ เจ้าอาวาสวัดหนองหัวช้างชัยรังสี และเจ้าคณะตำบลด่านนอก อ.ด่านขุนทด จ.นครราชสีมา, พระธรรมวิสุทธาจารย์ เจ้าอาวาสวัดหนองแวง พระอารามหลวง จ.ขอนแก่น, คุณประทีป วงษ์กาญจนรัตน์ หลานหลวงพ่อคูณ, นายสมศักดิ์ จังตระกุล ผู้ว่าราชการ จ.ขอนแก่น, รศ.นพ.ชาญชัย พานทองวิริยะกุล คณบดีคณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยขอนแก่น
หลังเสร็จสิ้นพิธีสงฆ์และพิธีขอขมาหลวงพ่อคูณ พระภิกษุสงฆ์ได้ใช้อุปกรณ์ช่าง และหินเจียเปิดฝาด้านหน้าเตาเผาสรีรสังขารหลวงพ่อคูณ ซึ่งได้ถูกล็อกกุญแจและเชื่อมเหล็กไว้อย่างแน่นหนา จากนั้นพระภิกษุได้โกยเถ้าอัฐิหลวงพ่อคูณที่ตกค้างอยู่ภายในเตาลงสู่ถาดสแตนเลสที่รองอยู่ด้านล่าง เมื่อสักขีพยานทั้ง 15 คนได้ตรวจสอบความเรียบร้อยว่าไม่มีเถ้าอัฐิหลงเหลืออยู่แล้ว เจ้าหน้าที่ได้นำแผ่นเหล็กมาเชื่อมปิดฝาเตาเผา เพื่อป้องกันผู้ที่จะมาลักลอบเก็บเศษอัฐิหลวงพ่อคูณภายในเตาเผา
จากนั้น ได้มีการโปรยดอกไม้และพรมน้ำมนต์ลงบนเถ้าอัฐิหลวงพ่อคูณ ก่อนจะปิดฝาถาดแสตนเลส ล็อกด้วยกุญแจ 4 ดอก แล้วนำผ้าจีวรมาห่อหุ้มถาดแสตนเลส พร้อมนำไปประกอบพิธีลอยอังคารที่แม่น้ำโขง โดยจะเปิดฝาถาดสแตนเลส เมื่อถึงแม่น้ำโขงแล้วเท่านั้น และจะไม่มีการเปิดระหว่างทาง ซึ่งการเปิดฝาถาดแสตนเลส ต้องใช้กุญแจ 4 ดอก ที่เก็บไว้ กับผู้ว่าราชการจังหวัดขอนแก่น 1 ดอก, คณบดีคณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยขอนแก่น 1 ดอก, นายอำเภอเมืองขอนแก่น 1 ดอก และนายอำเภอเมือง


ด่านขุนทด 1 ดอก มาเปิดพร้อมกันเท่านั้น
สำหรับยานพาหนะที่ใช้เคลื่อนเถ้าอัฐิหลวงพ่อคูณ จากฌาปนสถานชั่วคราว ไปยัง จ.หนองคาย เป็นรถโบราณคันเดิม ที่ใช้เคลื่อนสรีรสังขารหลวงพ่อคูณจากชั้น 7 คณะแพทยศาสตร์ มายัง ศูนย์ประชุมอเนกประสงค์ กาญจนาภิเษก และใช้เคลื่อนสรีรสังขารหลวงพ่อคูณ จากศูนย์ประชุมฯ มายังฌาปนสถานชั่วคราวฯ โดยรถโบราณคันนี้ได้รับความอนุเคราะห์จากเจ้าคุณธงชัย วัดไตรมิตรวิทยารามวรวิหาร
ขณะที่จังหวัดหนองคาย พุทธศาสนิกชนทั้งไทยจากหลากหลายจังหวัด และสปป.ลาว ต่างเดินทางมารอร่วมพิธีลอยอังคาร เถ้าอัฐิ ของหลวงพ่อคูณ ปริสุทฺโธ ที่ริมฝั่งแม่น้ำโขง สถานีเรือหนองคาย กันเป็นจำนวน โดยเรือลาดตระเวน ล.169 ของ นรข. จะเป็นเรือหลักลำเดียวที่วนรอบพระธาตุกลางน้ำ 3 รอบ และทำการโปรยเถ้าอัฐิ ภายในเรือจะมีพระสงฆ์ 4 รูป สวดมาติกา พร้อมทั้งนายรณชัย จิตรวิเศษ ผู้ว่าราชการจังหวัดหนองคาย, นายสมศักดิ์ จังตระกุล ผู้ว่าราชการจังหวัดขอนแก่น, นายสมศักดิ์ ปะริสุทโธ เหมธานนท์ อดีตผู้ว่าราชการจังหวัดตรัง ศิษย์หลวงพ่อคูณ และญาติหลวงพ่อคูณ
นอกจากนี้ยังมี รศ.ดร.กิตติชัย ไตรรัตนศิริชัย อธิการบดีมหาวิทยาลัยขอนแก่น รองศาสตราจารย์นายแพทย์ชาญชัย พานทองวิริยะกุล คณบดีคณะแพทยศาสตร์ ม.ขอนแก่น รวมถึงเจ้าหน้าที่อีก 15 คน ที่อยู่บนเรือ ล. 169 ด้วย ส่วนเรือลำอื่นจะถูกกั้นนาบข้าง โดยมีพุทธศาสนิกชนจำนวนมาก รอดูพิธีการและกราบเถ้าอัฐิของหลวงพ่อคูณ
สำหรับตำนานพระธาตุหล้าหนอง จุดที่ลอยอังคารหลวงพ่อคูณนั้น มีเรื่องเล่าว่า เป็นที่บรรจุพระบรมสารีริกธาตุของพระสัมมาสัมพุทธเจ้า ในคราวเดียวกับพระธาตุพนม จ.นครพนม พระธาตุโพนจิกเวียงงัว และพระธาตุบังพวน จ.หนองคาย ซึ่งพระธาตุหล้าหนอง เดิมอยู่ในเขตวัดธาตุ ชุมชนวัดธาตุ เขตเทศบาลเมืองหนองคาย ซึ่งเป็นวัดที่อยู่ริมแม่น้ำโขง แต่เมื่อกาลเวลาผ่านไป กระแสน้ำโขงเชี่ยวกรากได้กัดเซาะตลิ่งและผืนแผ่นดิน ทำให้ตลิ่งทรุดและองค์พระธาตุหล้าหนองต้องจมอยู่ใต้แม่น้ำโขงในลักษณะล้มเอียง อยู่ห่างจากฝั่งจังหวัดหนองคายประมาณ 180 เมตร หากใครนำอัฐิของผู้ล่วงลับมาลอยในจุดนี้ ก็เชื่อว่าจะช่วงส่งดวงวิญญาณสู่สรวงสวรรค์.